V roce 2012 unikl mimozemský zločinec jménem Boris Bestie, boglodit, z vězení s nejvyšší ostrahou na Měsíci, aby se pomstil agentovi K. Ten mu už v roce 1969 ustřelil levou paži a zajal ho. Agent J se z nováčka vypracoval na zkušeného pracovníka Agentury, ale ke svému tajnůstkářskému, sucharskému staršímu parťákovi K má i po čtrnácti letech spolupráce dost daleko. Boris Bestie využije utajeného vynálezu stroje času a změní tok historie: v roce 1969 zabije K, zabrání tak svému zatčení a zmrzačení a v současnosti otevře cestu k ničivé invazi své agresivní rasy na Zemi. Jelikož pouze paměť J zůstala z neznámých důvodů nedotčena, nikdo jiný v Agentuře nerozumí jeho dotazům a znalostem týkajícím se K. Na ústředí MiB J zjistil, že K byl odpovědný nejen za zajetí Borise, ale také za rozmístění štítu "ArcNet", který zabránil bogloditům v dobytí Země. Proto vyhynuli. Nová velitelka MiB O brzy pochopí, že došlo k časovému přeskoku. K je již dlouho mrtev, ArcNet nebyl nikdy nasazen a dnešní Země se invazi bogloditů nedokáže bránit. Agent J se tedy vypraví do minulosti, aby obnovil původní časovou linii...