Dvadsať rokov po udalostiach Matrix Revolutions žije Neo (Keanu Reeves) zdanlivo obyčajný život ako Thomas A. Anderson v San Franciscu, kde mu jeho terapeut predpisuje modré kapsule. Ani on, ani Trinity (Carrie-Anne Moss) sa navzájom nespoznávajú. Morpheus mu však ponúkne červenú kapsulu a znovu otvorí jeho myseľ svetu Matrixu. V príbehu sa vraciame do sveta dvoch realít – každodenného života a toho, čo leží za ním. Aby programátor Thomas Anderson (Keanu Reeves) zistil, či je jeho realita fyzickým alebo mentálnym konštruktom, aby naozaj spoznal sám seba, bude sa musieť znova rozhodnúť ísť za bielym králikom. A ak sa Thomas… Neo… niečo naučil, tak to, že hoci je možnosť voľby len ilúziou, je to stále jediná cesta von z Matrixu (alebo do neho). Neo, samozrejme, už vie, čo má urobiť. Ale zatiaľ ešte nevie, že Matrix je silnejší, nepreniknuteľnejší a nebezpečnejší než kedykoľvek predtým. Déja vu.