V Kmotrovi II sledujeme dvě dějové linie - jak se mladý Corleone stává Kmotrem a jak Michael Corleone brutálním způsobem přebírá tajné obchody svého otce. Musí čelit nejen svým konkurentům z podsvětí, zejména Hymanu Rothovi, který využívá informací zhrzeného Michaelova bratra Freda, ale také většímu zájmu orgánů spravedlnosti, které v druhé polovině 50. let zintenzivnily svou kampaň proti organizovanému zločinu. Michael je například nucen vzdát se svých hazardních aktivit na revoluční Kubě, cena je příliš vysoká. Stává se z něj zahořklý, a ještě nelítostnější šéf, než byl jeho otec. Nechává zabít svého bratra, manželka jej opouští. Rodinné vazby, které byly téměř posvátné, mizí a Michael zůstává sám.