Partia rozmaznaných zvierat sa chce vrátiť z Madagaskaru späť do svojej pohodlnej ZOO v New Yorku. Problémy nastanú, keď sa na cestu domov rozhodnú použiť havarované lietadlo. Veď kto by len tušil, že toto lietadlo dokáže havarovať aj druhýkrát, a tentoraz v Afrike! A tak sa stalo, že divoké zvieratá spoznajú svoje korene a stretnú sa s rodinou leva Alexa. Lev Alex, zebra Marty, hrošica Gloria, žirafí fešák Melman a dvojica šimpanzov Phil a Mason sa vydajú z Madagaskaru na cestu domov do newyorskej zoologickej záhrady. Sprevádza ich kráľ Julián, jeho pobočník Maurice a malý Mort, ktorí chcú vidieť, ako to funguje v civilizovanom svete. Štart pôvodne havarovaného lietadla je síce bezproblémový, ale zvyšok letu už nie. Najprv zlyhá jeden motor, potom druhý a neovládateľné lietadlo sa rúti k zemi. Ale to nie je len taká hocijaká zem. Rozmaznaní hrdinovia totiž pristanú uprostred tej najdivokejšej africkej divočiny, odkiaľ vlastne všetci pochádzajú a kde má každý z nich svoj životný príbeh. Lev Alex, kráľ newyorskej zoo, sa stretáva so svojimi rodičmi a zisťuje, že v srdci čierneho kontinentu mu jeho veľkomestské maniere nebudú na nič. Zebrí krásavec Marty konečne spozná, ako chutí byť súčasťou veľkého stáda a cválať s ním voľne savanou. Hrošica Gloria sa zoznámi s neuveriteľne atraktívnym hrochom a žirafí fešák Melman sa snaží zbaviť svojej hypochondrie a mlčky trpí, pretože Gloria mu vôbec nie je ľahostajná. Pripravte sa na ďalšie veľké prekvapenia, pretože v tomto príbehu ich bude viacero.