Vyvolený Callum Lynch zo svojej DNA extrahuje vedomie a spomienky svojho španielskeho predka Aguilara de Nerha z 15. storočia a získa jeho zručnosti majstra asasína. Bude ich potrebovať v boji proti tajnému a veľmi nebezpečnému templárskemu spolku, ktorý chce ovládnuť a zničiť náš súčasný svet. Usvedčeného vraha Calluma Lyncha napriek jeho vôli vyslobodia z cely smrti len preto, aby sa stal súčasťou storočného boja medzi asasínmi, templármi a španielskymi inkvizítormi. Jeho novým väzením sa stáva tajné zariadenie Abstergo vybavené revolučnou technológiou Animus, ktorá odhaľuje v ľudskej DNA genetické spomienky, a tým umožňuje vrátiť sa a prežiť spomienky predkov, ktoré boli doteraz stratené v minulosti. Callum sa vďaka Animusu prepojí so svojím prapredkom žijúcim v Granade a Seville v období španielskej inkvizície v 15. storočí. Volá sa Aguilar de Nerha a je členom bratstva asasínov, ktoré už niekoľko storočí vedie skrytú vojnu s radom templárov, svojim odvekým nepriateľom. Tajná organizácia asasínov sa zaviazala chrániť slobodnú vôľu ľudstva a snaží sa zabrániť tomu, aby sa templári s pomocou inkvizície zmocnili mocného artefaktu nazývaného Jablko Raja. A práve tento artefakt je podľa presvedčenia templárov nástrojom na ovládnutie celého sveta.